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新教強調因信稱義、信徒人人都可為祭司和《圣經》具有最高權威三大原則。這是和天主教針鋒相對的，是新教各派共同的特點。
因信稱義
新教救贖論的核心，主張得救是“本乎恩也因著信”。根據基督教教義,人因有原罪和本罪,不能自救，在上帝面前不能稱義。唯一的救法是借上帝之子基督將救恩賜給世人。因此，拯救的根源來自上帝的恩典。這是基督教各派共同的信仰。至于如何使罪人獲得這種恩典，收到得救的效果，天主教主張除了信仰外，還必須憑借圣事，通過天主教教階制的神職人員，才能將救恩頒賜給信徒。在新教看來，這是把圣事作為上帝和人之間的一種“交易”，因為天主教規定信徒必須按教會的要求履行某些功課或善行，如做彌撒、奉獻、悔過、補贖等,表示自責或補償,才能得到上帝的恩典。教會神職人員（神父、主教和教皇）成為壟斷救恩的代理人。新教認為這不僅違背《圣經》的教訓，而且帶來許多弊端，根據《新約》的《羅馬人書》和《加拉太書》的教訓，認為遵守律法和誡命不能使人稱義。得救的真諦在于相信和接受耶穌基督為主，憑借信心，通過圣靈的工作，使信徒和基督成為一體。由于這種神秘的結合，基督的救贖就在信徒身上生效，使信者“還是作為罪人的時候，在上帝面前得及被稱為義”。新教認為行善是應該的，但這是重生得救的表現，而不是一種功德，其本身沒有使人得救的效能。這種得救觀對天主教用來壟斷救恩的圣事觀和圣職制起了釜底抽薪的作用。
可為祭司
新教認為既然只憑信心即可得救，那么信徒人人均可為祭司，無須神職人員作為神人之間的中介。此外,信徒還可以互相代禱,每個信徒都有在宗教生活中彼此照顧相助的權利和義務，都有傳播福音的天責。這就沖淡甚至取消了神職人員與一般信徒之間的差別。雖然新教的多數宗派仍然保留教務專職人員（牧師等）的職稱和封立儀式,但這主要是職務上的標志,不意味著具有頒賜恩典的特權。
最高權威
這也是針對天主教提出的。天主教雖然不否認圣經的權威，但堅持圣經的解釋權屬于教會。實際上就把有關宗教信仰的一切問題，包括教會傳統(教父遺訓、教會法規，以及歷屆公會議的決定)的最高權威集中在天主教會和教皇身上。新教則主張唯有圣經才是最高權威、每個信徒都可以借圣靈的引導直接從圣經領悟上帝的啟示和真理。新教一般雖然接受最初幾次公會議關于三一論和基督論等的教義和有關的信經，也認為教父遺訓有指導作用，值得尊重，但都不能和圣經同等看待。當然新教更不受后來天主教歷次公會議的決議和教會法規的約束。宗教改革以后，新教將圣經譯成各種民族語言，并致力于圣經的傳播和注釋工作。但新教各派對圣經的解釋和用法不盡一致。如基要派強調圣經的每句每字都出自上帝的靈感，絕無訛誤，其他一些派別的神學家卻認為圣經是上帝啟示的記錄，它反映了圣經各卷的作者在不同時代對上帝啟示的感受和理解?？梢詰梦淖挚紦蜌v史考證的方法研究和解釋圣經，以發現其中蘊藏的真理。這樣，在新教內部，對圣經作為最高權威的理解，長期存在著爭論。
圣事
新教一般只承認兩種圣事，即圣餐禮和圣洗禮，認為是圣經明確記載由基督親自設立的禮儀。天主教和東正教則認為除這兩種外，還有堅振、告解、終傅、神品和婚配五種圣事，并認為也都由耶穌親自設立，也可在圣經上找到根據。新教的某些宗派，如圣公會，也保留由教會施行堅振禮，按立圣職和婚配的儀式，但不認為這些具有完全的圣事意義。對圣事的解釋，新教各派也不盡一致。一般說來，路德宗最接近天主教，認為圣事本身具有神秘的能力，如在圣餐禮中，餅、酒經過祝圣之后，雖然不像天主教認為的那樣變成了基督的身體和血（即變體論），但已有基督的身體和血與之同在(即體同在論)；洗禮也能使受洗者立即變為新人。茨溫利和浸禮宗則認為圣餐禮僅具有象征或紀念的意義，餅酒僅代表基督的血肉，并不是基督的血肉；洗禮也不過是與上帝訂立新的表記，表明受禮者與基督同死同復活，而與基督的生命聯合，并不意味著神恩的具體施受。歸正宗和安立甘宗則容許在上述兩派之間，可以有各種不同的理解。這個問題，在新教各派間也曾長期存在爭論。
新教各派一致拒絕天主教將一切權力集中在以教皇為首的教階體制中。新教各派在形成過程中，根據各自的社會政治背景和教義主張，采用不同的教政原則，并都自稱是以《新約》的原始教會為模本。大體有三種教政體制：
主教制
各主教區的管理權集中于主教，下設牧師（一稱會長）和會吏。各大地區（或國家）的全體主教組成主教團（或主教院），形成該大地區（或國家）教會的集體領導核心。在世界范圍則無統一的領導人物或機構。安立甘宗為其典型代表。
長老制
由信徒推選平時從事社會職業的信徒領袖數人任長老，掌管教務權力，并委派或選舉牧師執行教務；若干地方教會的長老和牧師聯合組成區會，對其下屬地方教會有領導權。這可以說是一種共和體制。故采用這種體制的歸正宗，亦名長老宗。
公理制
或稱會眾制，由各教堂的全體信徒會眾直接執掌教務權力并聘任牧師，各堂皆獨立自主，同一宗派教會的聯合組織對各教會沒有領導權。采用這種制度的有浸禮宗、公理宗、基督會等。
