1. 新教和天主教都承認(rèn)耶穌基督為唯一的救贖道路，都認(rèn)為“因信稱義”。所謂“因信稱義” 有廣義和狹義之分。廣義指信仰得到救贖和在神面前得到稱義的必要條件，此為所有正統(tǒng)教派所信奉。狹義指新教尤其是馬丁路德關(guān)于如何得救的教義。馬丁路德從保羅的《羅馬書》中的因信稱義的觀點(diǎn)引申出信徒可以由于信仰神而直接成為義人，不再受功德律的支配，他們通過自己的信仰而與基督建立了新的關(guān)系。靈魂的得救不是教會的工作，是神把恩賜給了他的信仰者。因此，信徒不必依靠教會極其繁瑣的宗教禮儀，只憑對神虔誠信仰就可以得到靈魂的拯救。而天主教認(rèn)為除了靠信德（信心）之外，還需遵循神的旨意行善工，行圣事，以及不斷向神長懺悔得到救贖。新教的牧師一般只作為靈性的指導(dǎo)者，并無赦罪權(quán)柄，而天主教神長都握有神權(quán)，能赦免信徒的罪過。
2. 在天主三位一體的基本教義上，天主教完全信奉。新教所有的正統(tǒng)教派接受信奉，有的異端教派如唯一神派和耶和華見證人派則予以否認(rèn)。關(guān)于七件圣事，天主教都一一遵行。基督教除圣公會外，其他教派基本只奉行圣洗圣事。對圣體圣事，他們則稱之為圣餐。至于對其他圣事，如堅振、彌撒圣祭、告解、病人傅油〔終傅〕、圣秩、婚配等圣事都不同程度地不認(rèn)可。
至于婚姻，天主教拒絕任何形式的離婚，而新教則許可在某些特定原因上的離婚，如奸淫等，但仍然要求能挽留的盡量挽留。
天主教的有品級的神職人員以及發(fā)了三愿的修女都要持守獨(dú)身，一生不婚，奉獻(xiàn)給天主。而新教無此規(guī)定，除明確有獨(dú)身呼召的某些信徒外，都可自由建立家庭。
3. 關(guān)于教義，天主教認(rèn)為教義的來源有二，即圣經(jīng)和圣傳，稱為信德寶庫。新教各教派只承認(rèn)圣經(jīng)為教義唯一根源，將教會傳統(tǒng)至于圣經(jīng)之下。
4. 新教和天主教的《圣經(jīng)》在舊約卷數(shù)上有所不同。新教為39卷，天主教為46卷。主要的爭議在于《次經(jīng)》的地位。所謂次經(jīng)是指幾部存在于希臘文七十士譯本但不存在于希伯來文圣經(jīng)的著作。次經(jīng)的權(quán)威地位，教會中存在兩種意見。奧古斯丁認(rèn)為次經(jīng)是圣經(jīng)的一部分。而哲羅姆（一譯：耶柔米）認(rèn)為次經(jīng)在權(quán)威上不及希伯來圣經(jīng)，只能用作信徒道德的教化，而不能作為信仰的依據(jù)。這兩種觀點(diǎn)在中世紀(jì)一直爭論不休。宗教改革時，馬丁路德追隨哲羅姆的觀點(diǎn)認(rèn)為次經(jīng)缺乏信仰權(quán)威，只是有益的讀物，將其從正典中去除。新教教會繼承路德的主張，形成39卷的舊約。1546年，天主教的特蘭托會議正式定次經(jīng)為正典，視其為“神圣的經(jīng)典”應(yīng)受到“相應(yīng)的信仰與尊重”。從此天主教確定了46卷的舊約。（天主教收錄的次經(jīng)包括：巴路克、多俾亞傳、友弟德傳、智能篇、德訓(xùn)篇、瑪加伯上及瑪加伯下等七卷以及但以理書、以斯貼記的補(bǔ)篇）。
5. 天主教有洗禮、堅振、圣體（即：圣餐）、婚配、告解（向神長懺悔赦罪）、圣秩（也稱神品）、終傅等七件圣事。而新教僅基本上只保留了圣餐和洗禮兩件圣事。而且在圣餐的理解上有很大不同。
天主教認(rèn)為在舉行圣餐時，經(jīng)過神父祝圣的餅和葡萄汁會化質(zhì)為耶穌基督的實(shí)體實(shí)血。基督用他的身體和寶血真正地、實(shí)在地、體質(zhì)地與餅和葡萄汁融合而一。因此被稱為“圣體血”。這是變質(zhì)說。
而馬丁路德認(rèn)為是同體說。慈運(yùn)理僅認(rèn)為餅和葡萄汁只是對耶穌基督救贖的紀(jì)念，并非神秘儀式。而加爾文則主張“屬靈的同在”。
此外，舉行圣餐時，新教徒都可領(lǐng)取杯餅，而天主教普通信徒在多數(shù)的彌撒中只能領(lǐng)取圣體（餅）。
6. 在信仰內(nèi)容及教務(wù)行政上，世界各國天主教會信奉同一教義，認(rèn)信“唯一至圣從宗徒傳下來的教會”，并認(rèn)為教宗在作為教會眾牧之長，行駛教宗權(quán)頒布信理之時是準(zhǔn)確無誤的。
新教各教派則不然，在教義及圣事上雖然有牧師，主教，長老教導(dǎo)教會，但不承認(rèn)他們沒有錯誤。一切以圣經(jīng)為準(zhǔn)。
7. 對耶穌基督的母親瑪利亞，天主教極其敬禮。天主教認(rèn)為她是耶穌的母親，她養(yǎng)育了耶穌，當(dāng)耶穌代人贖罪受苦受難時，她在精神上分擔(dān)了耶穌的痛苦。耶穌基督都很敬愛她，我們作基督信徒的，對她也該予以尊敬。且因?yàn)槭ツ脯斃麃啌碛性S多美德，如服從上帝、謙卑自下、忍耐寬仁、慈善助人等，是為人處世的榜樣，值得我們效法敬重。天主教恭敬圣母瑪利亞，認(rèn)為藉著她與眾圣徒的代求。我們可以蒙天主的垂聽。
而新教對馬利亞僅僅是敬重，不認(rèn)可她是無染原罪的天后，也反對圣徒代求的教義。
8. 天主教許可在教堂或教友家中供奉圣像（比如：耶穌、天使、圣徒的圣像），供信徒瞻仰敬禮。圣像起源于中世紀(jì)，由于當(dāng)時教育不普及，文盲很多，不少人無法讀經(jīng)。因此，教會供奉圣像，使信徒通過它明白圣經(jīng)的故事。天主教認(rèn)為，供奉圣像不是偶像崇拜，并非讓人尊敬該像本身，而是助人引發(fā)睹像思人之心，比如目睹耶穌苦像，內(nèi)心就會想起耶穌被釘死在十字架上代人贖罪之大恩。
新教以十誡中“不可雕刻偶像”為依據(jù)，反對供奉圣像，認(rèn)為是偶像崇拜。新教教堂一般只設(shè)十字架標(biāo)志。
9. 天主教的彌撒較為復(fù)雜，除此之外還有很多儀式。而新教主日禮拜則除開圣公會外，大多比較簡單。
新教尤其是華人教會一般只紀(jì)念圣誕、受難、復(fù)活等節(jié)日，天主教除此之外對于圣神降臨節(jié)等許多節(jié)期也很看重。
天主教有隱修制度，新教沒有。
天主教將一些信德表率冊封為圣徒，并以其為代求者，新教無此教義，認(rèn)為人人皆祭司皆圣徒。
新教教堂一般比較簡約，而天主教教堂則富麗堂皇。
天主教都有朝圣活動，新教則無。
在中國，關(guān)于祭祖，天主教認(rèn)為慎終追遠(yuǎn)、發(fā)揚(yáng)先祖的美德，在一些時候舉行祭祖典禮，遵循天主十戒第四戒。新教反對祭祖典禮，認(rèn)為是崇拜偶像。一般行鞠躬禮。
10. 關(guān)于創(chuàng)造宇宙萬有的真神主宰之名稱，天主教方面，當(dāng)明朝末年利瑪竇神父剛到中國傳教時，曾用中國經(jīng)書上所用之“天”或“上帝(特指天帝，即玉皇大帝)”之名，以后改用“天主”之名。基督教方面則用“上帝”之名，為了區(qū)別于中國的某些稱呼，也以“神”之名稱。關(guān)于天主三位一體中之第三位，天主教從圣經(jīng)原文譯為“圣神”，基督教方面則譯為“圣靈”。圣經(jīng)上有許多人名或地名，由于音譯之故，天主教與基督教所譯者，有的相同，有的不相同。不同者頗多，茲略舉數(shù)則：地名方面，耶穌誕生之地，天主教譯為白冷，基督教則譯為伯利恒。耶穌成長之家鄉(xiāng)，天主教譯為納匝肋，基督教則譯為拿撒勒。人名方面，耶穌的宗徒如伯多祿、保祿、瑪竇、馬爾谷和若望，是天主教按拉丁文所譯者;基督教方面則按英文譯為彼得、保羅、馬太、馬可及約翰。其他不同譯名尚多，茲不多贅。
11.煉獄指的是天堂與地獄之間的地帶。天主教根據(jù)次經(jīng)《馬加伯傳下》12章40-45節(jié)的記載確立了煉獄存在的理論。認(rèn)為人死后必須經(jīng)歷精煉，將人身上的罪污加以凈化，才能升入天堂，按教會傳統(tǒng)人類存在七大罪過，在煉獄對自己的過錯懺悔，使靈魂得到洗滌。但丁在《神曲》中就描繪了中世紀(jì)人們的煉獄觀念。天主教徒將為亡者禱告視為一種功課。馬丁路德覺得煉獄說在《圣經(jīng)》中的證據(jù)不充分，又認(rèn)為煉獄說是為教會兜售“贖罪卷”提供理論支持，造成腐敗，因而斷然否認(rèn)煉獄的存在，強(qiáng)調(diào)靈界只有天堂和地獄兩個世界，并無中間地帶，人的歸宿僅在于是否“因信稱義”。之后的新教教會繼承了路德的觀點(diǎn)，否定煉獄的存在，認(rèn)為替死人禱告無益。
12.新教與天主教最大的差異當(dāng)首推中保論。中保在希伯來語中為 “中間人”，指的是神與人之間交流的通道。人因犯罪而與神隔離，神為了與人修復(fù)關(guān)系親自設(shè)立了中保。在舊約時代，神呼召摩西、以利亞等祭司、先知作為中保，引導(dǎo)以色列人認(rèn)識神，求神赦免人的罪過，并傳遞神的旨意。圣子耶穌基督道成肉身，經(jīng)歷十字架受難，以及死后復(fù)活真正完成了神的計劃。通過耶穌的降生、代死、復(fù)活，神和人的隔閡已完全修復(fù)了，神人關(guān)系從此和好。升天后的耶穌基督成為人類的中保，為人類代求。使徒保羅指出：“在神與人中間，只有一位中保，乃是降世為人的基督耶穌。”（提前2:5）新教認(rèn)為，信徒只要信靠耶穌基督，專一仰望他就能與神溝通，不需要通過任何天使或圣徒。而天主教則認(rèn)為，人除了基督作為中保外，還需要加上圣母。天使以及眾圣徒的代求和轉(zhuǎn)禱，所謂“分享了中保地位”。
他們根據(jù)次經(jīng)《多俾亞傳》12章12節(jié)天使拉斐爾的代求以及《馬加伯傳下》15章14節(jié)先知耶利米的代禱確立了理論基礎(chǔ)。在所有圣徒中，圣母瑪利亞地位最為崇高。天主教并未將瑪利亞視為神，但認(rèn)為瑪利亞是天主特別為耶穌道成肉身而派到人間的，她無染原罪，。迦拿婚宴則說明瑪利亞有為世人代求的能力，她可以為世人祈求赦罪。她還是人類服從的代表, 和夏娃的悖逆正好相反。同時認(rèn)為瑪利亞的崇高德行為教會、信徒的楷模。又因其信德、愛德及與基督完美結(jié)合，成為教會的預(yù)表。
而新教對于馬利亞的信望愛值得尊敬，是圣徒之榜樣，但不認(rèn)可敬禮和代求。