1．采樣時必須使所采的有機樣品具有代親性和均勻性，要認真填寫采樣記錄，寫明樣品的有機食品生產日期批號采樣條件和包裝情況等．
2．外地調入的有機(天然)食品應根據運貨單、食品檢驗部門或衛生部門的化驗單等了解起運日期、來源、地點、數量和品質以及有機(天然)食品的運輸、貯藏等基本情況，并填寫檢測項目及采樣人。
3．采樣的數量必須能反映該有機(天然)食品的衛生質量和滿足檢驗項目對試樣用量的需求，并且一式三份供檢驗、復驗和備查用，一般情況下，每份樣品的重量不得少于0．5公斤。
4．有機(天然)食品的檢測與我國食品衛生檢測的內容以及方法大致相同。它主要包括感觀指標、理化指標和微生物指標．
5．檢測的主要項目有：
(1)有機(天然)食品的一般成分分析(包括：比重、水分、灰分、蛋白質、脂肪、還原糖、蔗糖、淀粉、粗纖維等)．
(2)有機(天然)食品中有害元素的測定(汞、砷、鉛、鎘、錫．氟等)。
(3)有機(天然)食品農藥殘留量的測定(包括有機磷農藥殘留量、六六六、滴滴涕等)．
(4)有機(天然)食品中添加劑的測定(包括：亞硝酸鹽與硝酸鹽、亞硫酸鹽、糖精、山梨酸、苯甲酸、禁用防腐劑、食用人工合成色素等)．
(5)食品中細菌的測定(包括：細菌總數、大腸菌群數、沙門菌、病原性大腸艾希菌、副溶性弧菌、葡萄球菌等)。
6．有機食品發展中心將根據食品行業(糧油、肉與肉制品、蛋與蛋制品、水產品等)的不同持點，按照國家衛生法的要求以及行業檢測標準和有機(天然)食品加工的規定，擬定各自的檢測項目。
7．有機(天然)食品衛生指標執行國家食品衛生標準