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根據南非、博茨瓦那、萊索托、納米比亞和斯威士蘭5國關稅同盟協定，5國實行共同關稅。南非負責關稅同盟的管理工作，根據實現安排的計算公式，各成員國獲得關稅收入以及再分配。
關稅表目錄是根據《協調的商品種類和編號體系》制定的，有兩種類型的稅率， 一種是對最惠國待遇國家的稅率，一種是針對一般國家的稅率。最惠國待遇的稅率應用于從很多國家進口的商品，包括世界貿易組織成員國。而一般國家的稅率則是針對來自一部分國家的進口商品， 從這些國家進口的商品不符合最惠國待遇的標準。當進口商品不是從原產地國家運來時，關稅按照向南非出口國家的標準征收。
關稅總水平已經由原來的超過20％下降到12％。政府已經把9580個稅號減少到7182個， 對關稅的約束程度有現在的55％提高到98％。將所有的數量控制改為征收從價稅， 并且使計算公式與世界貿易組織規定的原則相一致。把80多個不通水平的稅號減少到只有6種水平， 即零關稅、5％， 10％、15％、20％和30％，以及一些免稅。
從價稅：
從價稅的征收是根據進口商品的FOB價。在海關估價方面， 南非參加簽署了關稅與貿易總協定的第12條。該協議規定了5種計算報關價值的方法。第一項的表述是海關估價依據交易的價值， 其價格是進口商實際支付和可支付的貨物價格加上發生的特定費用和成本。為了使交易的價值能接受，必須符合一定的條件，買賣雙方很明顯是毫無關系的。如果海關拒絕第一種方法，則可以采用以下幾種方式：同樣貨物的交易價值、相同貨物的交易價值、演繹推理方法， 再出售價格， 或利用生產成本、利潤和其他支出參數計算出來的價值。協議規定海關估價可以依據FOB價格， 也可以依據CIF價格。其他方面的一些內容在其中也有描述， 例如清關速度、貨幣可兌換、申訴權以及公開法律規定等。
特惠稅：
從南部非洲關稅同盟成員國對從關稅同盟區以外進口的關稅征收統一關稅， 關稅在進口貨物抵達的第一個口岸征收。征收關稅的海關估價按照離開出口國的FOB離岸價格估價， 以WTO的海關關稅估價碼為準。
根據實施烏拉圭回合貿易協定的要求， 南部非洲關稅同盟國家必須在10年內將關稅下降24％，并且取消對發展中國家紡織品出口的配額限制。經過4年的談判，南非與歐盟達成了自由貿易協定， 并于2000年1月開始實施。雙方將在今后10－12年里使90％的貿易實現自由化。200頁的貿易協定囊括了10，000種產品。這項協議也許會擴展到南部非洲關稅同盟的其他成員國。同時， 在南非加工的其他南部非洲關稅同盟成員國的產品將享受免費出口到歐洲的待遇。目前， 南非還在與肯尼亞和韓國討論簽署自由貿易協定。
南非和美國于1999年2月簽署了貿易和投資框架協議，該協議已進入實施。
海關附加稅
目前對大多數進口貨物在征收關稅后還要征收14％的增值稅。但如果進口的貨物是用來加工生產或由注冊進口商再出售， 則可以免交14％的增值稅。VAT在FOB價格上加14％， 然后在交不可返回的海關稅。某些貨物有資格標上證書標記，向消費者表明該商品是根據有關標準生產制造的。根據南非國家標準局的建議，南非貿工部可以發布一些牽制大型要求， 以便保證和提高產品治理， 以保護消費者的利益。納米比亞業沿用南非國家標準局的規定。
標簽
香煙的包裝上必須有警告的標示。
進口貨物的集裝箱包裝方面的標示， 要避免有引起錯誤認識的標簽。所有進口的食品和藥品要有特殊的標記。一般來說， 進口貨物所標記用英語就可以了， 但有些是需要有英語和阿非利加兩種語言。
進口紡織品中含有羊毛， 無論是由羊毛制成， 還是羊毛制品，都要根據有關規定特別標出。含有至少35％毛制品，必須表明其所含成分。銀色標牌必須很清楚地表明。商標法要求，集裝箱上的標簽不允許有欺騙、作假和與箱內貨物不符的內容。
對于一些藥品， 特別是一些酒、藥膏、含氟化物的漱口水， 食品和化妝品， 應該特別標明。
建議食品類產品的標簽應該顯示出對產品的描述， 列出成份， 包括食品添加劑，制造商或供貨商的姓名、地址和電話號碼。以公制單位標出重量和體積， 存放和使用說明。另外， 在新的市場上， 還需要標明原產地國家的情況，產品的有效期，主要產品的含量， 特別食品添加劑的編號，以及根據進口國要求的營養成分。
商標
所有包裝上都必須以公制單位標明實際重量， 并印在包裝的外邊。
進口文件
1、商業發票
進口商必須要有商業發票。貨物抵達納米比亞之前， 發票就要寄到進口商手中， 并且至少一式三份。
商業發票上要有以下內容：買賣雙方的姓名、地址， 貨物的描述，裝船日期和地點， 包裝號碼和標記，每一件包裝的號碼，數量， 總重量和凈重以及商品的成本。此外，發票上還必須寫明所有成本和雜項收費， 包括裝運收費以及代理商的手續費。
2、裝船單
需要提供裝船單一式三份。裝船單上要注明船運公司的名字，地址，裝船港口， 貨物運達的目的地以及商標和號碼， 裝運的箱子數量裝運費等等，如果是航空運輸， 基本類似。
3原產地證
在進口商申請使用不同于一般關稅的時候，需要出示原產地證。在該類產品面臨反傾銷調查的時候， 需要出示原產地證。
